Quy chế mới nêu rõ số lượng dự án các đơn vị được đăng ký dự thi thay vì đưa vào văn bản hướng dẫn hàng năm như quy định cũ. Cụ thể, số lượng dự án dự thi đều tăng: sở GD-ĐT được đăng ký tối đa 3 dự án dự thi (quy định cũ là 2). Riêng Sở GD-ĐT Hà Nội, TP.HCM, mỗi đơn vị được đăng ký tối đa 6 dự án dự thi (quy định cũ là 4).
Đối với các đơn vị dự thi là trường trực thuộc Bộ GD-ĐT, đại học, trường đại học, viện, học viện, mỗi đơn vị được đăng ký tối đa 2 dự án dự thi; đơn vị đăng cai tổ chức cuộc thi được đăng ký tối đa 6 dự án dự thi. Riêng đơn vị đăng cai tổ chức cuộc thi là Sở GD-ĐT Hà Nội hoặc Sở GD-ĐT TP.HCM, mỗi đơn vị được đăng ký tối đa 12 dự án dự thi.
Quy chế mới cũng bổ sung quy định người hướng dẫn nghiên cứu. Theo đó, quy định rõ: "Mỗi dự án dự thi có ít nhất 1 người hướng dẫn nghiên cứu là giáo viên, nhân viên có chuyên môn phù hợp với dự án dự thi đang làm việc tại cơ sở giáo dục nơi thí sinh đang học. Mỗi người hướng dẫn nghiên cứu chỉ được hướng dẫn 1 dự án dự thi (quy định cũ tối đa là 2) trong 1 lần tổ chức cuộc thi".
Về việc xếp giải, quy định mới vẫn xếp giải theo lĩnh vực hoặc nhóm lĩnh vực, không phân biệt dự án cá nhân hay dự án tập thể, gồm có giải nhất, nhì, ba và giải tư.
Tổng số giải của cuộc thi không vượt quá 60% (quy định cũ là 50%) tổng số dự án dự thi. Trong đó, số giải nhất không vượt quá 10% (quy định cũ là 5%) tổng số giải; số giải nhì, giải ba, giải tư, mỗi loại giải không vượt quá 30% tổng số giải. Quy định cũ giải nhì không quá 10%, giải ba không quá 15% và giải tư không quá 20%.
Như vậy, dự kiến xếp giải theo huy chương vàng, bạc, đồng thay vì nhất, nhì, ba, tư ở dự thảo lần 2 đã không được Bộ GD-ĐT thực hiện.