Theo cáo trạng, ngày 19.3.2018, Trường Chính trị tỉnh Đắk Lắk trình báo với Công an TP.Buôn Ma Thuột về việc có dấu vết cạy cửa sổ, đột nhập phòng thủ quỹ, két sắt bị mở và mất trộm số tiền hơn 500 triệu đồng.
Ngày 29.3.2018, Cơ quan CSĐT Công an TP.Buôn Ma Thuột khởi tố vụ án trộm cắp tài sản. Đến tháng 7.2018, vụ án đã được chuyển giao cho Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Đắk Lắk để điều tra, sau đó việc điều tra tạm dừng do hết thời hạn mà không xác định được nghi phạm gây án.
Tuy nhiên, qua rà soát các tài liệu do thủ quỹ nhà trường là Nguyễn Thị Huyền cung cấp, các cơ quan chức năng xác định từ tháng 4.2017 đến 19.3.2018, các cá nhân tạm ứng tại Trường Chính trị hơn 285 triệu đồng. Trong đó, ứng tiền có lãnh đạo, kế toán duyệt hơn 195 triệu đồng; thủ quỹ tự cho tạm ứng, không báo cáo lãnh đạo, kế toán hơn 90 triệu đồng. Toàn bộ số tiền cho tạm ứng không cập nhật trên sổ quỹ tiền mặt của thủ quỹ và kế toán.
Sau khi vụ việc đột nhập xảy ra, các cá nhân đã hoàn ứng hơn 210 triệu đồng, Huyền chỉ nhập quỹ hơn 124 triệu đồng; còn lại 86,2 triệu đồng không nhập quỹ, không ghi sổ, sử dụng cho mục đích cá nhân.
Ngày 7.9.2021, khi bàn giao công tác cho thủ quỹ mới, Huyền đã không đề cập đến số tiền này. Quá trình điều tra, Huyền đã thành khẩn khai báo, khắc phục hậu quả thiệt hại bằng cách giao nộp toàn bộ số tiền chiếm đoạt hơn 86 triệu đồng cho cơ quan điều tra.
Liên quan vụ án, cơ quan chức năng cũng đã kiến nghị xử lý về mặt Đảng và chính quyền đối với ông Lê Đình Hoan, Hiệu trưởng Trường Chính trị tỉnh Đắk Lắk (từ tháng 8.2016 - 4.2020); ông Y Mluck Kbuôr, Phó hiệu trưởng, phụ trách quản lý tài sản; bà Nguyễn Thị Kim Anh, kế toán nhà trường, do thiếu sót trong quản lý, không kiểm tra, phát hiện sai phạm, dẫn đến việc Nguyễn Thị Huyền lợi dụng sơ hở để tham ô tài sản.