Khi chúa Nguyễn khai phá phương Nam cũng lập Văn Miếu riêng của Đàng Trong tại Phú Xuân - Huế. Văn Miếu mới (vị trí ngày nay) được xây năm 1808 (dưới thời vua Gia Long) và trở thành Văn Miếu chính thức của toàn quốc dưới triều đại nhà Nguyễn (1802 - 1945).
Theo Trung tâm bảo tồn di tích cố đô Huế, từ cổng Đại Thành nhìn vào, chính giữa là điện Đại Thành thờ Khổng Tử (tên gọi này thống nhất ở mọi nơi), kích thước 25 m x 32 m, xây trên nền cao, theo kiểu trùng thiềm điệp ốc (*). Ngoài cổng Đại Thành có Hữu Văn Đường và Dị Lễ Đường là nơi để vua quan sửa soạn trước khi vào tế. Phía trước là hai dãy nhà bia với 32 tấm bia khắc tên 293 tiến sĩ triều Nguyễn từ năm 1822 - 1919. Trước cổng Văn Miếu còn có tấm bia nhắc mọi người "khuynh cái hạ mã" (nghiêng lọng xuống ngựa). Nhà Nguyễn cho rằng thờ hình tượng là thiếu trang trọng nên thay bằng bài vị gỗ (kể cả bàn thờ các vua Nguyễn sau này).
Việc dựng Văn Miếu và bia tiến sĩ đề cao việc học, tôn trọng hiền tài. Các nước Đông Á (Trung Quốc, Nhật Bản, Hàn Quốc, Triều Tiên...) đều có Văn Miếu.
(*): là kiểu kiến trúc điển hình của cung điện triều Nguyễn. Trùng thiềm (chồng diềm) là hai hoặc ba lớp mái chồng lên nhau. Điệp ốc là nhà trước nối nhà sau theo một trục xuyên tâm.