Tại dự án tháp Bắc và tháp Giữa, dù triển khai đảm bảo đầy đủ quy trình, quy định nhưng sau khi hoàn thành đã xuất hiện hiện tượng nổi muối và mủn bề mặt gạch trên bề mặt tháp. Viện Khoa học công nghệ xây dựng (Bộ Xây dựng) khảo sát, lấy mẫu phân tích xác định nguyên nhân "muối hóa" là do cơ chế ăn mòn hóa học, môi trường tồn tại SO4 (-2) và CL (-), do khu tháp gần biển và ảnh hưởng bởi mực nước ngầm kênh thủy lợi hồ Phú Ninh chạy gần tháp.
Ông Nguyễn Công Thành, Phó giám đốc BQL dự án đầu tư xây dựng tỉnh Quảng Nam, cho hay đơn vị đã đề nghị UBND tỉnh Quảng Nam cho phép tạm dừng triển khai thực hiện dự án tháp Nam và giao các cơ quan chuyên môn nghiên cứu, đề xuất thêm các giải pháp khắc phục.
Trường hợp không tìm được cách khắc phục cơ bản hiện tượng nổi muối, mủn gạch thì vẫn tiếp tục dự án bảo tồn, tu bổ với phương pháp giống 2 tháp Bắc và tháp Giữa. "UBND tỉnh Quảng Nam đã giao cho Sở Xây dựng chủ trì làm việc với các đơn vị liên quan để tham vấn chuyên gia nhằm tìm ra phương án khắc phục triệt để vấn đề nổi muối, mủn gạch sau khi trùng tu", ông Thành nói.
Nhà nghiên cứu văn hóa Chăm Lê Trí Công cho rằng để giải quyết triệt để vấn đề "muối hóa" trên bề mạch gạch sau khi tu bổ tháp Chăm thì cần sự hỗ trợ, tư vấn từ các chuyên gia Ấn Độ, bởi họ rất có kinh nghiệm trong việc xử lý hiện tượng này. "Ấn Độ có một giải pháp khử muối đơn giản nhưng rất hiệu quả, đó là trộn cellulose (dạng bột giấy) với nước rồi quét lên bề mặt gạch. Khoảng 2 - 3 tháng sau, khi lớp này khô đi, hút hết muối thì họ tháo ra. Cứ làm vài lần như vậy sẽ không còn tình trạng nổi muối nữa", ông Công chia sẻ.
Cũng theo ông Công, muốn chấm dứt sự ảnh hưởng của việc thẩm thấu mạch nước ngầm chảy qua nền móng tháp (gây "muối hóa"), biện pháp duy nhất là xây dựng hệ thống móng bao xung quanh chân tháp.