Tiếp đó, ngày 18.4.1946, Chính phủ ra Nghị định số 121/NĐ về tổ chức của Việt Nam Công an Vụ. Nghị định quy định tổ chức Việt Nam Công an Vụ gồm có ba cấp: Công an Trung ương, Công an kỳ, Công an tỉnh. Ở Trung ương gọi là Nha Công an Việt Nam, ở ba miền Bắc, Trung, Nam gọi là Sở Công an, ở tỉnh gọi là Ty Công an.
Thực hiện Sắc lệnh số 23 và Nghị định số 121, Quốc gia Tự vệ cuộc Nam bộ đổi thành Sở Công an Nam bộ. Giám đốc Sở Công an Nam bộ đầu tiên là ông Kiều Tấn Lập, 2 Phó giám đốc là ông Diệp Ba (Đại biểu Quốc hội khóa I) và ông Phạm Hùng (sau này là Ủy viên Bộ Chính trị, Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng - tức Thủ tướng Chính phủ, Bộ trưởng Bộ Nội vụ - nay là Bộ Công an).
Hệ thống tổ chức của Công an Nam bộ gồm có: Sở Công an Nam bộ, Ty Công an các tỉnh, Công an huyện, Ủy viên Công an xã. Các bộ phận của Sở Công an Nam bộ là: Văn phòng, Phòng Giảo nghiệm nhân thân, Phòng Chính vụ, Phòng Cảnh vụ, Phòng Công an xung phong, Quốc vệ đội, Công an xưởng, Trại giáo hóa.
Trước đó, từ tháng 9.1945, với vai trò Phó giám đốc Quốc gia tự vệ cuộc Nam bộ, ông Kiều Tấn Lập đã cùng các ông Dương Bạch Mai, Nguyễn Văn Trấn thực hiện trấn áp các tổ chức phản cách mạng. Nguyên do là từ sau ngày khởi nghĩa 25.8.1945, nhân dân Sài Gòn - Chợ Lớn, Gia Định được sống trong không khí độc lập tự do nên hết sức phấn khởi. Mô hình tự quản lý về trật tự xã hội ở đường phố và xóm làng được hình thành. Nạn trộm cướp, cờ bạc, đĩ điếm biến mất. Thậm chí, nhiều tay "anh chị" trong giới giang hồ, lục lâm đã tự động bỏ nghề, đi theo cách mạng. Trong những ngày đất nước vừa giành được độc lập, bản thân thủ lĩnh các đảng phái phản động cũng bị phân hóa, một số thủ lĩnh đứng về phía Việt Minh, một số thủ lĩnh nằm im. Nhưng cũng còn một số phần tử có quyền lợi gắn chặt với thực dân đế quốc, sau ngày 23.9.1945 đã cùng thực dân Pháp quay trở lại chống phá chính quyền non trẻ. Nổi lên ở miền Nam thời gian đó là phái đệ tứ quốc tế (tờrốtkít) và những kẻ đội lốt tôn giáo.
Phái đệ tứ quốc tế (tờrốtkít) do nhiều nhân vật có tên tuổi ở miền Nam cầm đầu rải truyền đơn, kêu gọi biểu tình vũ trang chống lại cách mạng. Họ còn ra báo đòi thay đổi thành phần của Ủy ban Hành chính Nam bộ. Tư liệu của bộ phận tổng kết lịch sử Công an phía Nam đã viết: Ông Kiều Tấn Lập cài cơ sở vào nhóm tờrốtkít do Lư Sanh Hạnh và Phạm Văn Điều cầm đầu. Những người này đã tổ chức in và rải truyền đơn chống Việt Minh, chống Đảng Cộng sản. Được tin nhóm tờrốtkít có cuộc họp vào lúc 15 giờ tại số nhà 20, đường Jean Duclos (Phú Nhuận), ông Nguyễn Văn Trấn lệnh cho Nguyễn Thiện Hành đưa cảnh sát bót trung tâm ập vào đúng lúc nhóm vừa khai mạc. Ta bắt giữ hai tên cầm đầu Lư Sanh Hạnh và Phạm Văn Điều (sau ngày 23.9.1945, Lư Sanh Hạnh và Phạm Văn Điều được Pháp giải thoát và làm mật thám cho Pháp).
Với hơn 2 năm đứng đầu Sở Công an Nam bộ, ông Kiều Tấn Lập đã chỉ đạo Sở Công an vừa chiến đấu vừa xây dựng tổ chức, bố trí lực lượng theo yêu cầu nhiệm vụ triệt tiêu mọi âm mưu hoạt động của bọn tình báo gián điệp Pháp. Đối với những bộ phận phụ thuộc của Sở Công an Nam bộ và Ty Công an các tỉnh cũng lần lượt được thành lập để làm công tác trừ gian, diệt tề, tiến hành công tác điệp báo để nắm địch tình.
"Dưới sự lãnh đạo trực tiếp của Đảng, đồng chí Kiều Tấn Lập là Giám đốc Sở Công an Nam bộ, đã có nhiều đóng góp vào thành tích tổ chức chiến đấu đánh địch, bảo vệ đảng, bảo vệ lực lượng cách mạng, bảo vệ nhân dân, xây dựng lực lượng Công an Nam bộ lúc bấy giờ ngày một trưởng thành" (Thiếu tướng Nguyễn Văn Rốp - Thứ trưởng Bộ Công an: Điếu văn tại lễ cải táng Liệt sĩ Kiều Tấn Lập, 26.7.1998).