Nhằm khắc phục điểm nghẽn trong công tác phối hợp, ông Phan Văn Mãi yêu cầu từng sở, ngành phải làm đúng chức năng, nhiệm vụ, nêu rõ chính kiến khi được các đơn vị khác lấy ý kiến. Đồng thời, Thường trực UBND TP.HCM cũng phải quyết đoán và chịu trách nhiệm với quyết định của mình. Đối với những vấn đề lớn, khó thì hội ý trong Thường trực UBND TP.HCM, hoặc xin ý kiến Thường trực Thành ủy, Ban Thường vụ Thành ủy. Đối với những việc vượt thẩm quyền, ông Mãi lưu ý khi hỏi ý kiến các bộ, ngành thì phải chọn vấn đề, nghiên cứu kỹ và đề xuất hướng giải quyết.
Chủ tịch Phan Văn Mãi đề nghị xây dựng quy chế làm việc của Văn phòng UBND TP.HCM theo hướng quy định những công việc văn phòng chỉ chịu trách nhiệm về thể thức văn bản, những vấn đề phải chịu trách nhiệm cả nội dung, chứ không giao toàn bộ trách nhiệm cho các sở, ngành. Ông cũng gợi mở việc đặt hàng Đoàn luật sư TP.HCM tư vấn, rà soát pháp lý đối với những vấn đề còn ý kiến khác biệt của các sở, ngành. Ông Phan Văn Mãi khẳng định "sẽ chịu trách nhiệm chính, chịu trách nhiệm tới cùng" chứ không né tránh hoặc đẩy qua cho cấp phó hay sở, ngành.