Những ĐH đầu tiên
ĐH Quốc gia Hà Nội được thành lập đầu tiên theo Nghị định số 97 ngày 10.12.1993 của Chính phủ trên cơ sở tổ chức, sắp xếp lại 3 trường ĐH lớn ở Hà Nội gồm Trường ĐH Tổng hợp Hà Nội, Trường ĐH Sư phạm Hà Nội I và Trường ĐH Sư phạm ngoại ngữ Hà Nội.
ĐH Quốc gia Hà Nội chính thức bước vào hoạt động theo quy chế do Thủ tướng Chính phủ ban hành ngày 5.9.1994. Đến nay ĐH Quốc gia Hà Nội có 6 trường ĐH, 5 khoa trực thuộc, 4 viện nghiên cứu, 10 trung tâm đào tạo và nghiên cứu, 10 đơn vị phục vụ đào tạo.
Sau ĐH Quốc gia Hà Nội, ĐH Huế được thành lập ngày 4.4.1994, theo Nghị định 30 của Thủ tướng Chính phủ, trên cơ sở sắp xếp, tổ chức lại các trường ĐH, CĐ trong khu vực.
Lúc này, ĐH Huế gồm có Trường ĐH Khoa học, Trường ĐH Sư phạm, Trường ĐH Nông lâm, Trường ĐH Y khoa, Trường ĐH Nghệ thuật. Sau đó có thêm Trung tâm Đào tạo từ xa (1995), Trung tâm Tài nguyên môi trường và Công nghệ sinh học (1995), Trường ĐH Kinh tế (2024), Trường ĐH Ngoại ngữ (2004), Khoa Giáo dục thể chất, Viện Công nghệ sinh học, Trường ĐH Luật, Trường Du lịch, Khoa Quốc tế, Khoa Kỹ thuật và công nghệ, Phân hiệu tại Quảng Trị…
Cùng với ĐH Huế, ĐH Đà nẵng cũng được thành lập ngày 4.4.1994 theo Nghị định 32 của Chính phủ trên cơ sở sắp xếp, tổ chức lại các đơn vị: Trường ĐH Bách khoa Đà Nẵng, Cơ sở Trường ĐH Sư phạm ngoại ngữ Đà Nẵng, Trường CĐ Sư phạm Quảng Nam - Đà Nẵng, Trường công nhân kỹ thuật Nguyễn Văn Trỗi.
Sau đó có thêm các trường thành viên: Trường ĐH Ngoại ngữ, Trường CĐ Công nghệ thông tin, Phân hiệu ĐH Đà Nẵng tại Kon Tum, Khoa Y – Dược, Viện Nghiên cứu và đào tạo Việt - Anh, Khoa Giáo dục thể chất, Trường ĐH Sư phạm kỹ thuật, Khoa Công nghệ, Khoa Công nghệ thông tin và truyền thông, Viện Công nghệ quốc tế DNIIT, Trường ĐH Công nghệ thông tin và truyền thông Việt - Hàn, Viện Khoa học và công nghệ tiên tiến, Khoa Giáo dục quốc phòng và an ninh.
Cũng vào ngày 4.4.1994, ĐH Thái Nguyên được thành lập theo Nghị định 31 của Chính phủ. Hiện nay đơn vị này gồm có Trường ĐH Đại cương, Trường ĐH Sư phạm, Trường ĐH Kỹ thuật công nghiệp, Trường ĐH Nông lâm, Trường ĐH Y khoa, Trường ĐH Ngoại ngữ, Trường ĐH Công nghệ thông tin và truyền thông, Trường CĐ Kinh tế kỹ thuật, Khoa Quốc tế, Phân hiệu tại Lào Cai, các trung tâm.
ĐH Quốc gia TP.HCM được thành lập theo Nghị định 16 ngày 27.1.1995 của Chính phủ.
Hiện nay ĐH Quốc gia TP.HCM gồm có 38 đơn vị, trong đó có 8 trường ĐH thành viên (bao gồm Bách khoa, Khoa học Tự nhiên, Khoa học xã hội và nhân văn, Quốc tế, Công nghệ thông tin, Kinh tế - Luật, Khoa học sức khỏe và An Giang), Viện Môi trường và Tài nguyên, Khoa Chính trị - Hành chính, phân hiệu tại tỉnh Bến Tre và 27 đơn vị trực thuộc là các tổ chức khoa học và công nghệ, thư viện, các tổ chức phục vụ đào tạo, dịch vụ.
3 ĐH mới
ĐH Bách khoa Hà Nội được thành lập ngày 2.12.2022, theo Quyết định 1512 Thủ tướng Chính phủ trên cơ sở Trường ĐH Bách khoa Hà Nội. Hiện đơn vị này gồm có Trường Cơ khí, Trường Điện - điện tử, Trường Công nghệ thông tin và truyền thông, Trường Hóa và khoa học sự sống, Trường Vật liệu, Trường Kinh tế.
ĐH Kinh tế TP.HCM được thành lập theo quyết định của Chính phủ ngày 4.10.2023, gồm Trường Kinh doanh UEH; Trường Kinh tế, Luật và Quản lý nhà nước UEH; Trường Công nghệ và Thiết kế UEH và phân hiệu tại Vĩnh Long.
ĐH Duy Tân "trẻ" nhất khi mới được thành lập theo Quyết định của Chính phủ ngày 7.10.2024, gồm các trường Kinh tế, Khoa học máy tính, Công nghệ, Y dược, Du lịch, Đào tạo quốc tế và Ngoại ngữ - Xã hội nhân văn.