Tiếp đến, Nguyễn Văn Quế lại phát hiện Lê Văn Duyệt đã trữ riêng 1.070 tấm gỗ táu và dầu. Bốn tháng sau, bộ Binh phát hiện Lê Văn Duyệt có giấu riêng một thớt voi. Vua bảo Nội các: "Voi trận không như trâu ngựa, tư gia sao được nuôi riêng. Lê Văn Duyệt ương bướng, tự phụ, cậy công kiêu rông, thiên lệch, nghe theo lời nói của tiểu nhân, liều lĩnh dám làm, thực có can phạm pháp luật. Các tào ở Gia Định thành đều có biết cả sự việc, nếu vì sợ quyền thế đè nén, không thể can ngăn được, thì cũng nên làm tập tấu kín dâng lên, chứ sao lại cam lòng hùa theo, một loạt bưng mồm nín lặng? Đáng lý phải nên trị tội, song vì Duyệt đã chết rồi, nên cho miễn nghị tội. Các tào cũng được gia ơn rộng tha, nhưng phải truyền chỉ nghiêm quở" (Quốc sử quán triều Nguyễn, Đại Nam thực lục, tập 3).
Tháng 3.1833, Nguyễn Văn Quế tâu rằng thuộc hạ của Lê Văn Duyệt là Vệ úy vệ Tả Bảo nhất Hồ Văn Triệu, Phó vệ úy Nguyễn Văn Bột cùng với Phó vệ úy vệ Minh Ngãi là Nguyễn Hựu Khôi "dựa thế của Duyệt, đem biền binh lên rừng chặt gỗ, nhân đó tự tiện lấy ván gỗ; có kẻ bán cho người nhà Thanh, có kẻ đem đóng thuyền riêng". Vua Minh Mạng sai cách chức cả ba, hạ lệnh cho Quế hội đồng với Án sát ty điều tra. Vụ án này có liên can đến cả "tên Bốn Bang người Minh Hương", tức Lưu Hằng Tín.
Án sát Nguyễn Chương Đạt đối với vụ án này lại có thái độ thờ ơ đến mức đáng ngạc nhiên. Sau này, các viên đội từng làm việc ở Phan Yên là Trần Văn Thạch, Đỗ Văn Thúy, Phan Văn Trọng có khai rằng: "Lại như bọn tên giặc Khôi, giặc Bột can án về gỗ ván thuyền, đã vâng chỉ nghiêm ngặt tra xét, mà nguyên Án sát sứ là Nguyễn Chương Đạt không từng bắt khóa giam cấm, ban đêm thường tha cho bọn can phạm ấy về nhà" (Nội các Cơ Mật viện triều Nguyễn, Khâm định tiễu bình lưỡng kỳ nghịch phỉ phương lược chính biên, tập 2).
Việc truy bắt và điều tra các thuộc hạ cũ của Tả quân Lê Văn Duyệt là nguyên nhân trực tiếp thúc đẩy Nguyễn Hựu Khôi nổi dậy. Quốc sử quán triều Nguyễn, Đại Nam liệt truyện chính biên sơ tập cho rằng "Khôi sợ phải tội, mưu làm loạn, nói phao lên rằng báo thù cho Duyệt".
Họ cũng mô tả như thể cuộc điều tra này là do Án sát Bạch Xuân Nguyên tự ý khởi xướng. Nhưng chính Bạch Xuân Nguyên lại nói rằng mình làm việc dựa theo mật chỉ. Trương Quốc Dụng cho biết ông này từng là môn hạ của Lê Văn Duyệt, được tiến cử cho Lê Chất. Lê Văn Duyệt căn dặn: "Hắn rất hiểu việc, nhưng dùng được thì giữ, không dùng được thì giết đi, chớ tiếc". Về sau, Bạch Xuân Nguyên được vua Minh Mạng nâng đỡ, đưa vào làm quan ở Gia Định thành. Khi cuộc nổi dậy nổ ra, bản thân vua Minh Mạng lại than thở về những "bề tôi hèn kém" như Bạch Xuân Nguyên, Nguyễn Văn Quế. Dù triều đình Minh Mạng làm như thể mình không phải là kẻ cố tình dựng lên vụ án, dư luận vẫn tin rằng vua Minh Mạng chính là người khơi mào tất cả. Logic rất đơn giản: Bạch Xuân Nguyên chắc sẽ không dám huênh hoang về "mật chỉ" nếu ông ta không thực sự sở hữu nó. Đề cao và khen thưởng công thần lúc sống, rồi trở mặt điều tra, kết tội khi họ đã qua đời chính là cách hành xử mà vua Minh Mạng đã thể hiện một lần trong vụ oan án của Thoại Ngọc Hầu. Lúc này, Nguyễn Hựu Khôi (Lê Văn Khôi) cùng với Nguyễn Văn Bột bí mật họp những người trong phe mình, bao gồm: Thái Công Triều - Vệ úy vệ Tả Bảo nhị, Lê Đắc Lực - Phó vệ úy, Lưu Hằng Tín - ty Hành nhân, Đặng Vĩnh Ưng - Phó quản cơ Thanh Thuận, Vũ Vĩnh Tiền - anh trai người vợ lẽ của Lê Văn Duyệt, Dương Văn Nhã - đội Lâm Xạ thuộc Tả quân, Nguyễn Văn Trắm - đội Hồi lương. Bọn Nguyễn Hựu Khôi bàn rằng: "Bố chính Bạch Xuân Nguyên là người hà khắc, lại là chỗ thân tín của Tổng đốc Nguyễn Văn Quế. Vụ án gỗ ván đóng thuyền chính là nó bới vạch ra, nếu không giết nó thì nó cũng hãm bọn ta vào chỗ chết. Tôi nghe nói ở Bắc Kỳ con cháu nhà Lê khởi sự xâm lược hai, ba tỉnh, đã từng có thư đến khuyên tôi ở xa hưởng ứng. Nay tỉnh thành ít quân, đề phòng sơ suất. Nếu nhân cơ hội nổi dậy, trước hãy chém Xuân Nguyên, sau bắt Tổng đốc, Án sát, Lãnh binh mà giữ lấy thành thì việc lớn có thể thành được" (Quốc sử quán triều Nguyễn, Đại Nam thực lục, tập 3, tr.584). Một kế hoạch táo tợn như thế lại được tán đồng.