Phiên tòa được mở do ông Vịnh và 5 bị cáo khác có đơn kháng cáo. Cả 6 người đều xin giảm nhẹ hoặc chuyển từ án tù sang án treo.
Tại tòa, hội đồng xét xử phúc thẩm đánh giá các bị cáo thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải, được UBND tỉnh có đơn xin giảm nhẹ. Ngoài ra, ông Vịnh và nhiều bị cáo trong vụ án đã nộp tiền khắc phục hậu quả và tiền phạt bổ sung.
Hội đồng xét xử do đó chấp nhận đơn kháng cáo của cả 6 người. Ngoài ông Vịnh, ông Lê Ngọc Dương, cựu Phó giám đốc Sở TN-MT tỉnh Lào Cai, được giảm 6 tháng tù, xuống còn 2 năm 3 tháng tù. Ông Phan Văn Cương, cựu Phó giám đốc Sở Công thương, được chuyển án tù 2 năm 9 tháng sang án treo, thời gian thử thách 5 năm.
Ba người này đều bị cáo buộc phạm tội dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Trong số bị cáo được giảm án còn có ông Phạm Cao Khiêm, cựu Phó tổng giám đốc Công ty Apatit Việt Nam, giảm 6 tháng tù còn 2 năm 3 tháng tù, về tội vi phạm quy định về nghiên cứu, thăm dò, khai thác tài nguyên.
Hai bị cáo còn lại được chuyển từ án tù sang hình phạt tiền, gồm: Nguyễn Quang Huy, cựu Tổng giám đốc Công ty TNHH MTV Apatit Việt Nam, chuyển từ án 3 năm tù sang phạt tiền 1,8 tỉ đồng; Lương Văn Na, cựu Phó tổng giám đốc, Thành viên HĐTV Công ty Apatit Việt Nam, bị tuyên phạt tiền 900 triệu đồng thay vì 2 năm 6 tháng tù (án treo).
Theo cáo buộc, năm 2009, Công ty Lilama được UBND tỉnh Lào Cai cấp giấy chứng nhận để thực hiện dự án đầu tư xây dựng khách sạn, nhà hàng tại thôn 2 (xã Đồng Tuyển, TP.Lào Cai, tỉnh Lào Cai) trên phần diện tích đất rộng 3,77 ha.
Quá trình san gạt, cơ quan chức năng xác định một phần diện tích của dự án trùng với khai trường số 18 thuộc quy hoạch quặng apatit. Vì vậy, UBND tỉnh Lào Cai quyết định thu hồi giấy chứng nhận đầu tư đối với Công ty Lilama, giao diện tích đất 3,77 ha cho Công ty Apatit Việt Nam quản lý, sử dụng.
Tuy nhiên, do chuỗi hành vi sai phạm của các bị cáo tại UBND tỉnh Lào Cai và Công ty Apatit Việt Nam, Công ty Lilama sau đó lần lượt được cấp giấy chứng nhận đầu tư, giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, giấy phép xây dựng.
Chỉ trong 2 năm, số quặng apatit mà Công ty Lilama khai thác thuê cho Công ty Apatit Việt Nam và trực tiếp khai thác lên tới hơn 1,5 triệu tấn. Công ty Lilama hưởng lợi hơn 171 tỉ đồng, Công ty Apatit Việt Nam cũng thu về hơn 184 tỉ đồng.
Cựu Bí thư Tỉnh ủy Nguyễn Văn Vịnh bị cáo buộc ký hàng loạt văn bản của UBND tỉnh, cấp giấy chứng nhận đầu tư và có ý kiến bút phê, chỉ đạo vào các tài liệu khác có liên quan trái quy định của pháp luật, từ đó giúp Công ty Lilama và Công ty Apatit Việt Nam lợi dụng khai thác và tiêu thụ trái phép khoáng sản.
Vào giáp Tết Nguyên đán năm 2015, khi ông Vịnh làm Bí thư Tỉnh ủy Lào Cai và sau khi Công ty Lilama đã san gạt xong mặt bằng dự án, khai thác và tiêu thụ trái phép xong quặng apaptit, bị cáo Thừa đã mang 5 tỉ đồng đến nhà ông Vịnh tặng "quà tết". Sau khi nhận số tiền 5 tỉ đồng, ông Vịnh đã sử dụng chi tiêu cá nhân hết.
Tại phiên sơ thẩm hồi tháng 5.2024, bị cáo Nguyễn Mạnh Thừa, Giám đốc Công ty Lilama, bị tuyên 4 năm tù về tội rửa tiền và 3 năm 6 tháng tù về tội vi phạm quy định về nghiên cứu, thăm dò, khai thác tài nguyên. Tổng hợp hình phạt là 7 năm 6 tháng tù.