Cụ thể, tại điểm e khoản 1 điều 13 dự thảo quy định: "Đối với số thuế giá trị gia tăng đầu vào không được khấu trừ, cơ sở kinh doanh được hạch toán vào chi phí để tính thuế thu nhập doanh nghiệp, hoặc tính vào nguyên giá của tài sản cố định, trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên mà không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt".
Ngoài ra, tại điểm b khoản 2 điều 13 dự thảo, điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào được quy định như sau: "Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ hàng hóa, dịch vụ mua từng lần có giá trị dưới 5 triệu đồng và một số trường hợp đặc thù theo quy định của Chính phủ".
TS Nguyễn Vinh Huy (Phó chủ tịch Hiệp hội Doanh nghiệp TP.HCM) kiến nghị cần xem xét bổ sung quy định lộ trình, thời gian áp dụng đối với chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Bởi theo ông Huy, cơ sở vật chất, điều kiện kinh doanh của doanh nghiệp ở các địa phương trong toàn quốc có sự khác nhau rất lớn. Nếu như ở thành phố lớn, việc tiếp cận công nghệ thông tin có phần thuận lợi, hệ thống mạng bao phủ hầu hết các quận, huyện, sản phẩm dịch vụ đa dạng của các ngân hàng thương mại… so với các tỉnh thành khác.
Hiện chi phí tuân thủ pháp luật có sự gia tăng, như phí chuyển khoản tại quầy của ngân hàng rất cao, phát sinh phí quản lý tài khoản ngân hàng, phí báo biến động tin nhắn, phí internetbanking… Đơn cử thu phí trọn gói dịch vụ cơ bản (không bao gồm phí chuyển khoản) dao động từ 60.500 - 90.000 đồng/tháng. Trong khi đó, doanh nghiệp siêu nhỏ, nhỏ và vừa có số lượng rất lớn trong nền kinh tế, lại có năng lực tài chính giới hạn.
Ngoài ra, ông Huy còn kiến nghị cơ quan chủ trì soạn thảo xem xét bổ sung giao cho Chính phủ được thẩm quyền quy định một số trường hợp đặc biệt đối với giao dịch không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Còn bà Đỗ Thị Lê Hương (Phó giám đốc tài chính kế toán Tổng công ty thương mại Sài Gòn), cho rằng quy định của dự thảo đang gây ra nhiều bất lợi cho doanh nghiệp vì phát sinh phí chuyển khoản ngân hàng hiện nay là 11.000 đồng/giao dịch. Chi phí này là gánh nặng lớn cho doanh nghiệp, tốn nhiều thời gian do lượng hồ sơ thanh toán chuyển khoản cần xử lý gấp.
Cũng theo bà Hương, hình thức thanh toán bằng thẻ không phù hợp với doanh nghiệp do chưa có cơ chế để kiểm soát, quản lý rủi ro, phương thức bù trừ công nợ, rào cản về điều kiện để áp dụng phương thức thanh toán này phải được quy định cụ thể trong hợp đồng. Thực tế doanh nghiệp không thể dự trù được những tình huống này trong quá trình phát sinh hoạt động mua bán.
Do đó, bà Hương kiến nghị nên giữ nguyên mức 20 triệu đồng như hiện nay, thay vì 5 triệu đồng như dự thảo nêu trên. Trường hợp điều chỉnh giảm số tiền thì cần có các cơ chế tháo gỡ khó khăn, vướng mắc và có sự đồng hành của hệ thống ngân hàng như giảm phí chuyển khoản.
Về vấn đề trên, theo ông Nguyễn Văn Nguyện (Phó trưởng phòng Tổng hợp, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam, Chi nhánh TP.HCM), việc chuyển từ thanh toán bằng tiền mặt sang không dùng tiền mặt đã mang lại lợi ích cho quốc gia, góp phần tăng trưởng GDP rất lớn. Bởi trước đó, chúng ta mới chỉ khuyến khích người dân thanh toán không dùng tiền mặt.
Việc sửa luật lần này chính là cơ hội để nhà nước hoàn thiện hơn về pháp luật, bởi đây là dùng biện pháp kinh tế rất hiệu quả. "Ngay cả ở những vùng quê, họ sử dụng rất thành thạo về thanh toán không tiền mặt. Nếu người mua hàng chuyển khoản sang người bán, thì hầu như không mất phí. Còn người nào dùng ví điện tử Momo, VNPAY áp dụng cho thanh toán nhỏ lẻ, người trả phí là người bán hàng chứ không phải người mua", ông Nguyện nói.
Đại diện ngân hàng còn dẫn chứng, hiện nay ở TP.HCM rất nhiều đơn vị sử dụng ngân sách nhà nước đã dùng thẻ tín dụng, mục đích là để minh bạch trong quản lý tài chính. Chỉ có thanh toán không dùng tiền mặt mới dễ quản lý từng đồng được.
Từ những lý do trên, đại diện Ngân hàng Nhà nước Việt Nam Chi nhánh TP.HCM, đề nghị nên bỏ giới hạn điều kiện khấu trừ thuế áp dụng với chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt trừ hàng hóa có giá trị từng lần dưới 5 triệu đồng nêu tại khoản 2 điều 13 dự thảo.