Tuy nhiên, ông Nguyễn Duy Hoàng, Phó cục trưởng Cục Kiểm soát thủ tục hành chính, Văn phòng Chính phủ, cho biết nếu không tính hồ sơ ngành dọc, trong khoảng 11 triệu hồ sơ còn lại chỉ có 1,2 triệu hồ sơ đồng bộ lên Cổng dịch vụ công quốc gia. Như vậy còn đến 88% hồ sơ không theo dõi được, dù Chính phủ đã yêu cầu đồng bộ 100% hồ sơ giải quyết thủ tục hành chính. Ông Hoàng cũng nêu sự chênh lệch giữa tỷ lệ hồ sơ đúng hạn của TP.HCM là hơn 99%, nhưng tỷ lệ này ghi nhận trên cổng dịch vụ công quốc gia chỉ 73%.
Về dịch vụ công trực tuyến, ông Nguyễn Duy Hoàng cho hay Chính phủ mong muốn hình thức này giúp tiết kiệm thời gian, chi phí cho người dân, doanh nghiệp, cắt giảm khối lượng công việc cho công chức nhưng hiện có tình trạng chạy theo chỉ tiêu, không chỉ ở TP.HCM mà nhiều địa phương khác. Cụ thể, người dân, doanh nghiệp đến nộp hồ sơ trực tiếp thì công chức làm trực tuyến thay. Việc này vừa mất thời gian của doanh nghiệp, vừa mất thời gian của công chức.
Chủ tịch UBND TP.HCM Phan Văn Mãi cho rằng công tác cải cách hành chính không có điểm kết thúc mà phải luôn cải tiến và thúc đẩy bởi yêu cầu của người dân, doanh nghiệp, cũng như yêu cầu phát triển của TP.HCM. Nếu đơn vị nào làm tốt cải cách hành chính mà không tiếp tục duy trì, đổi mới, cải tiến, sẽ bị tụt hậu. Ông Mãi lưu ý, các sở ngành, địa phương thi đua với nhau về cải cách hành chính phải thực chất, phần thưởng chính là sự hài lòng, khen ngợi của người dân, doanh nghiệp, chứ không phải để đạt thứ hạng.
Tại hội nghị, UBND TP.HCM công bố xếp hạng 3 chỉ số về cải cách hành chính, cạnh tranh nội bộ và chuyển đổi số. Cụ thể, về cải cách hành chính, Ban Quản lý các khu chế xuất và công nghiệp TP.HCM và UBND Q.Bình Tân dẫn đầu. Về cạnh tranh nội bộ, Sở Du lịch và UBND Q.Phú Nhuận dẫn đầu. Còn về chuyển đổi số, Ban Quản lý các khu chế xuất và công nghiệp TP.HCM và UBND Q.Phú Nhuận dẫn đầu.