Theo cáo trạng, khoảng 4.2023, Phụng quen biết với T.H.B.L (16 tuổi, ở H.Long Điền) qua mạng xã hội. Lúc này, L. đang mang thai với Bùi Thanh Tuấn (26 tuổi, hiện đang chấp hành 4 năm 6 tháng tù về tội giao cấu với người từ đủ 13 tuổi đến dưới 16 tuổi, do giao cấu với L. - PV).
Cuối tháng 4.2023, L. đến nhà của Phụng ở, sống chung như vợ chồng với Phụng (lúc này L. đang mang thai con của Tuấn ở tháng thứ 8 - PV). Trong thời gian chung sống, Phụng và L. đã nhiều lần quan hệ với nhau. Đến tháng 5.2023, L. sinh em bé.
Khoảng 3 giờ ngày 14.7.2023, L. cho con uống sữa và cháu bé khóc. Do bực tức vì cháu bé khóc, Phụng bế cháu bé ném xuống nệm trong phòng ngủ làm nạn nhân bị gãy xương đùi trái với tỷ lệ tổn thương 21%. Lúc này cháu B. chưa đầy 2 tháng tuổi.
Tiếp đó, khoảng 10 giờ ngày 15.8.2023, lúc cháu bé đang uống sữa khóc, Phụng đã đấm mạnh vào vùng trán phải của cháu bé. Phụng còn dùng tay bấu chặt vào đầu cháu bé lắc qua lắc lại nhiều lần khiến cháu bé chấn thương sọ não và tử vong sau đó khi chưa đầy 3 tháng tuổi.
HĐXX nhận định hành vi của Phụng cực kỳ nguy hiểm cho xã hội, xâm hại đến sức khỏe, tính mạng của người khác được pháp luật bảo vệ. Trong quá trình điều tra, Phụng đã ăn năn hối cải, thành khẩn khai báo, gia đình bị hại có đơn xin giảm nhẹ hình phạt, vì vậy HĐXX đã tuyên phạt Nguyễn Minh Phụng án chung thân về tội giết người, 4 năm tù về tội cố ý gây thương tích và 4 năm tù về tội giao cấu với người từ đủ 13 tuổi đến dưới 16 tuổi. Tổng hợp các hình phạt đối với bị cáo Phụng tù chung thân.