Đối với hành vi tham ô tài sản, cáo trạng Viện KSND tối cao nêu từ năm 2016 – 2020, Nguyễn Minh Quân chỉ đạo Nguyễn Văn Lợi (Giám đốc Công ty Nguyễn Tâm) sử dụng 4 công ty “sân sau” của Quân ký hợp đồng khống mua bán lòng vòng, nâng khống giá các máy móc, thiết bị y tế; lập hồ sơ, tham gia đấu thầu vào Bệnh viện (BV) TP.Thủ Đức. Tiếp đó, Quân chỉ đạo, gây sức ép với các nhân viên dưới quyền thông đồng với Lợi hoàn thiện hồ sơ, ký hợp thức hóa các hồ sơ để ấn định cho các công ty “sân sau” của Quân trúng 27 gói thầu trị giá hơn 345 tỉ đồng.
Theo cáo trạng, tổng số tiền lợi nhuận của 4 công ty sau khi trúng thầu là trên 102 tỉ đồng. Nhưng thực tế, sau khi được BV TP.Thủ Đức thanh toán tiền, Lợi chỉ đạo nhân viên chuyển cho vợ chồng Quân hơn 103,6 tỉ đồng. Cơ quan công tố cho rằng đây là tiền do nâng khống thiết bị y tế từ 27 gói thầu, từ đó Quân tham ô, chiếm đoạt của BV TP.Thủ Đức.
Để che giấu hơn 103,6 tỉ đồng tham ô của BV TP.Thủ Đức, Quân chỉ đạo Lợi chuyển cho Quân và vợ mình là bị cáo Nguyễn Trần Ngọc Diễm để mua bất động sản, ô tô, thanh toán thẻ tín dụng, mua vàng, chi tiêu cá nhân…; hoặc Lợi trực tiếp thanh toán các khoản khác vì mục đích chi tiêu của gia đình Quân.
Trong phần thẩm vấn tại tòa, bị cáo Nguyễn Văn Lợi trình bày nội dung cáo trạng hoàn toàn đúng. Lợi khai mình từng làm việc tại tiệm rửa xe, Quân đến rửa xe thì quen biết nhau. Năm 2006, Quân mời Lợi về làm nhân viên tại Công ty Ngọc Đạo (do vợ bị cáo Quân làm đại diện pháp luật – PV), sau đó Quân để bị cáo quản lý 4 công ty do vợ chồng bị cáo Quân thành lập, với mức lương 40 triệu đồng/tháng. Lợi khai mục đích quản lý 4 công ty là mua bán trang thiết bị y tế từ Công ty Ngọc Đạo sang 3 công ty còn lại, đồng thời nâng khống giá trị hàng hóa lên để tham gia đấu thầu vào BV TP.Thủ Đức.
Ngược lại, Nguyễn Minh Quân nói bị Lợi vu khống, đồng thời phủ nhận có liên quan đến các công ty mà cáo trạng quy kết là “sân sau” của bị cáo này. Về hàng chục tỉ đồng Nguyễn Văn Lợi chuyển cho Nguyễn Minh Quân để tiêu xài cá nhân, mua bất động sản… như cáo trạng quy kết, bị cáo Quân phủ nhận là tiền tham ô của BV và khai là do chơi thân với Lợi nên cho Lợi mượn tiền, sau đó Lợi trả lại. Chủ tọa hỏi: “Việc vay mượn có giấy tờ gì không?”. Nguyễn Minh Quân khai do tin tưởng nên không cần ký giấy tờ?!
Bị truy tố tội rửa tiền vì giúp chồng tẩu tán tiền tham ô, bị cáo Nguyễn Trần Ngọc Diễm khai “hoàn toàn không biết” hoạt động kinh doanh của chồng. Khi nhận tiền từ các công ty do Lợi chuyển, bị cáo nghĩ là lãi từ hoạt động kinh doanh của công ty nên sử dụng.
Trả lời thẩm vấn của tòa, các bị cáo còn lại thừa nhận hành vi sai phạm. Trong vụ án, các bị cáo Nguyễn Thị Ngọc, Nguyễn Lan Anh, cựu Phó giám đốc; Ngô Trương Ngọc Bích, cựu Trưởng phòng Vật tư thiết bị y tế; Đặng Thị Hiên, cựu Kế toán trưởng; Nguyễn Huy Việt, nhân viên Phòng Vật tư thiết bị y tế và Trần Hậu Nghĩa, Giám đốc Công ty TNHH thiết bị y tế Hải Đăng, bị xét xử về tội “vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”.