Ngay sau khi có lệnh, UBND các huyện Gia Viễn, Nho Quan đã thực hiện di dân trên địa bàn 12 xã thuộc vùng phân lũ của sông Hoàng Long. Dân số trong vùng phân lũ của 2 huyện nêu trên khoảng 55.000 người (12.600 hộ). Vùng phân lũ này có dung tích trữ lũ ở cao trình 4 m, chứa khoảng 200 triệu m3 nước.
Đến 16 giờ ngày 12.9, nước sông Hoàng Long tại Bến Đế (H.Gia Viễn) đã lên 5 m, vượt báo động 3 là 1 m, chỉ còn cách mực nước phải xả tràn 0,3 m (mực nước xả tràn là 5,3 m).
Dự báo, đến 19 giờ ngày 12.9, mực nước sông Hoàng Long có khả năng lên mức 5,3 m và Ninh Bình phải thực hiện phương án xả tràn tại tràn Lạc Khoái (xã Gia Lạc, H.Gia Viễn).
Sáng cùng ngày, ông Phạm Quang Ngọc, Chủ tịch UBND tỉnh Ninh Bình, Trưởng ban Chỉ huy PCTT-TKCN tỉnh Ninh Bình, đã họp bàn với các địa phương, đơn vị để chuẩn bị phương án ứng phó với tình huống phải xả tràn sông Hoàng Long.
Ông Ngọc yêu cầu các địa phương, đơn vị chuẩn bị sẵn vật tư, huy động lực lượng để ứng phó với các tình huống; tập trung lãnh đạo, tuyên truyền cho nhân dân để mọi người chủ động, tránh tâm lý hoang mang, lo lắng, giữ vững ổn định cuộc sống; tuyên truyền, vận động nhân dân các xã khu vực xả lũ chấp hành tuyệt đối, tin tưởng vào sự chỉ đạo của lãnh đạo tỉnh.
Sông Hoàng Long là hợp lưu của sông Bôi, sông Đập và sông Lạng, bắt nguồn từ vùng đồi núi của tỉnh Hòa Bình, chảy qua 3 huyện của tỉnh Ninh Bình là Nho Quan, Gia Viễn và Hoa Lư trước khi nhập vào sông Đáy. Chiều dài sông Hoàng Long đoạn qua Ninh Bình là 31 km. Trong lịch sử cũng từng xả tràn sông Hoàng Long và mỗi lần xả tràn xong phải mất 1 - 2 tháng nước mới rút hết.