Phiên tòa được mở do các bị cáo có đơn kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt; bị đơn dân sự là Công ty Việt Á xin xem xét lại phần trách nhiệm dân sự. Tòa án cũng triệu tập bà Hồ Thị Thanh Thủy, vợ bị cáo Phan Quốc Việt, Tổng giám đốc Công ty Việt Á, với vai trò người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan.
Hồi cuối tháng 12.2023, tại phiên tòa sơ thẩm, Tòa án Quân sự thủ đô tuyên phạt Phan Quốc Việt, Tổng giám đốc Công ty Việt Á, 25 năm tù về 2 tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ và vi phạm quy định đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng.
Hai bị cáo Hồ Anh Sơn, cựu Phó giám đốc Viện Nghiên cứu y dược học quân sự, Học viện Quân y; Trịnh Thanh Hùng, cựu Phó vụ trưởng Vụ Các ngành kinh tế - kỹ thuật, Bộ KH-CN, lần lượt bị tuyên 12 năm tù và 15 năm tù, cùng về tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
4 bị cáo còn lại, trong đó có 3 cựu sĩ quan thuộc Học viện Quân y, cùng bị tuyên phạm tội vi phạm quy định đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng: Nguyễn Văn Hiệu, cựu Trưởng phòng Trang bị vật tư, 7 năm tù; Ngô Anh Tuấn, cựu Trưởng phòng Tài chính, 4 năm tù; Lê Trường Minh, cựu Trưởng ban Hóa dược, 6 năm tù; Vũ Đình Hiệp, Phó tổng giám đốc Công ty Việt Á, 6 năm tù.
Về trách nhiệm dân sự, tòa buộc bị cáo Hồ Anh Sơn và Công ty Việt Á liên đới bồi hoàn hơn 18 tỉ đồng, là số tiền được giải ngân để thực hiện đề tài nghiên cứu kit test. Ông Sơn còn phải nộp lại hơn 1,7 tỉ đồng, là tiền thu lợi bất chính từ hành vi mua, bán tăm bông và ống môi trường.
Theo bản án sơ thẩm, tháng 1.2020, Học viện Quân y đề xuất triển khai nhiệm vụ nghiên cứu bộ kit chẩn đoán Covid-19. Đề tài được Bộ KH-CN phê duyệt, kinh phí gần 19 tỉ đồng, do cựu thượng tá Hồ Anh Sơn làm chủ nhiệm.
Với động cơ vụ lợi, lại sẵn quen biết Phan Quốc Việt, bị cáo Trịnh Thanh Hùng yêu cầu bị cáo Sơn đưa Công ty Việt Á vào cùng tham gia đề tài.
Quá trình triển khai, thay vì sử dụng kết quả nghiên cứu, 3 bị cáo Hùng, Việt và Sơn lại thống nhất dùng bộ kit do Công ty Việt Á cung cấp để nghiệm thu, với lý do bộ kit này hiệu quả hơn bộ kit mà Học viện Quân y nghiên cứu.
Sự gian dối trên dẫn tới đề tài được thông qua không đúng bản chất, Bộ Y tế sau đó cấp phép lưu hành sản phẩm. Công ty Việt Á sản xuất hơn 8,7 triệu kit test, thu lợi bất chính hơn 1.235 tỉ đồng. Bị cáo Việt bồi dưỡng cho bị cáo Hùng 350.000 USD, cho bị cáo Sơn gần 2,5 tỉ đồng.
Ngoài ra, từ tháng 5 đến tháng 12.2021, Công ty Việt Á ứng trước kit test để Học viện Quân y sử dụng, sau đó hợp thức hồ sơ với mức giá bị nâng khống, gây thiệt hại hơn 27,7 tỉ đồng. Phan Quốc Việt chỉ đạo cấp dưới chi "hoa hồng" cho bị cáo Nguyễn Văn Hiệu hơn 3,5 tỉ đồng, cho bị cáo Ngô Anh Tuấn hơn 1 tỉ đồng.