Theo quyết định ngày 19.8.2015 của UBND tỉnh Cà Mau, công ty này được giao 117.972,9 m2 đất tại xã Khánh An, thuộc KCN Khánh An để thuê, với thời hạn từ năm 2015 đến 2061. Đến ngày 16.8.2019, UBND tỉnh quyết định thu hồi 8.060 m2 trong phần đất này để giao Ban Quản lý Khu kinh tế tỉnh xây dựng tuyến đường D6, mở đường thoát hiểm công nhân Nhà máy Đạm Cà Mau. Diện tích đất thuê còn lại của công ty được xác nhận là 109.912,9 m2.
Theo quy định, dự án Công ty CP Nhà máy nước và Môi trường Khánh An được miễn tiền thuê đất cho cả thời gian thuê, nhưng công ty phải hoàn trả chi phí bồi thường, giải phóng mặt bằng vào ngân sách tỉnh. Năm 2020, Ban Quản lý khu Kinh tế thông báo số tiền Công ty CP Nước và Môi trường Khánh An phải nộp là 9,278 tỉ đồng. Đến thời điểm thanh tra, công ty mới nộp 4 tỉ đồng, số còn lại 5,278 tỉ đồng chưa nộp.
Kết luận thanh tra khẳng định, đây là vi phạm theo quy định tại điểm b khoản 1 điều 13 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15.5.2014 của Chính phủ. Vì vậy, Công ty CP Nước và Môi trường Khánh An phải có nghĩa vụ nộp hoàn trả tiền bồi thường, giải phóng mặt bằng vào ngân sách nhà nước dứt điểm trong năm 2024. Trường hợp công ty không thực hiện, Sở TN-MT sẽ tham mưu UBND tỉnh thực hiện thu hồi đất theo quy định.
Kết luận thanh tra cũng cho rằng, hiện tại, công ty mới hoàn thành việc đầu tư 6 giếng khoan với công suất 6.960 m3/ngày đêm, thay vì 18 giếng khoan như đúng quy mô, thiết kế . Chưa đạt công suất tối đa theo giấy chứng nhận đầu tư, tiến độ dự án chậm so với yêu cầu.
Thanh tra Sở TN-MT Cà Mau đã đề nghị giám đốc sở này kiến nghị UBND tỉnh chỉ đạo các cơ quan liên quan đôn đốc thu hồi tiền bồi thường từ các doanh nghiệp chưa hoàn thành nghĩa vụ tài chính. Trường hợp doanh nghiệp không hoàn thành nghĩa vụ tài chính về đất đai mà phải thu hồi đất thì Cục Thuế chủ trì, phối hợp Ban Quản lý Khu kinh tế xác lập hồ sơ theo quy định chuyển đến Sở TN-MT xem xét, tham mưu UBND tỉnh quyết định việc thu hồi đất theo quy định tại khoản 6 điều 81 luật Đất đai năm 2024 và điều 31, điều 32 Nghị định số 102/2024/NĐ-CP ngày 30.7.2024 của Chính phủ. Chỉ đạo Ban Quản lý Khu kinh tế rà soát, hướng dẫn công ty xem xét, lập thủ tục điều chỉnh quy mô, công suất và tiến độ thực hiện dự án đầu tư cho phù hợp điều kiện thực tế, khả năng đầu tư của doanh nghiệp.