Theo đó, qua làm việc, thanh tra phát hiện đơn vị này đã sử dụng nguồn chương trình mục tiêu, thanh toán hỗ trợ cho các cộng đồng nhận khoán quản lý bảo vệ rừng không đúng quy định với số tiền hơn 693 triệu đồng.
Ban Quản lý Khu bảo tồn thiên nhiên Ngọc Linh cũng đã chi thanh toán sai khối lượng, định mức xây dựng Trạm bảo vệ rừng xã Đăk Blô, Trạm bảo vệ rừng xã Mường Hoong (H.Đăk Glei) với số tiền hơn 318 triệu đồng.
Ngoài ra, đơn vị này đã triển khai thực hiện hỗ trợ cây giống cho trồng cây phân tán khi chưa có chủ trương thống nhất phê duyệt của cơ quan có thẩm quyền; chưa hoàn chỉnh các quy trình về việc chuyển từ trồng rừng tập trung sang trồng cây phân tán theo đề nghị và văn bản hướng dẫn của cơ quan cấp trên. Qua thanh tra, xác định số tiền sai phạm tại ban quản lý này là hơn 1,1 tỉ đồng.
Sở Tài chính tỉnh Kon Tum đã đề nghị Ban Quản lý Khu bảo tồn thiên nhiên Ngọc Linh thu hồi, nộp lại số tiền sai phạm trên vào ngân sách Nhà nước, đồng thời đề nghị đơn vị này làm rõ trách nhiệm đối với tập thể, cá nhân có liên quan.
Ngoài ra, Sở Tài chính tỉnh Kon Tum cũng đề nghị Quỹ Bảo vệ phát triển rừng tỉnh họp rút kinh nghiệm các cá nhân, tập thể để xảy ra việc chậm thanh toán tiền dịch vụ môi trường cho Ban Quản lý Khu bảo tồn thiên nhiên Ngọc Linh so với thời gian quy định, chấm dứt tình trạng thanh toán chậm trong thời gian đến.
Khu bảo tồn thiên nhiên Ngọc Linh tỉnh Kon Tum được triển khai từ năm 2003 với mục đích bảo tồn tính toàn vẹn của các hệ sinh thái tự nhiên quan trọng, mang tính độc đáo của khu vực ASEAN. Năm 2019, khu bảo tồn này được Hiệp hội các quốc gia Đông Nam Á trao danh hiệu Vườn Di sản ASEAN. Khu bảo tồn thiên nhiên Ngọc Linh có diện tích tự nhiên 41.547 ha, thuộc địa phận 2 huyện Tu Mơ Rông và Đăk Glei (Kon Tum). Ở đây có hàng ngàn loài động, thực vật bậc cao, trong đó có nhiều loài được ghi trong sách đỏ.