Hồi tháng 4, tại phiên tòa sơ thẩm, bà Loan liên tục kêu oan, khẳng định không chỉ đạo hay thông đồng với ai trong việc dìm giá đất. Bị cáo còn cho rằng hồ sơ vụ án có hàng chục bút lục không đúng, bởi "từ đầu chí cuối" bị cáo không làm việc với điều tra viên nào tên là Bùi Đức Hiếu, nhưng các bút lục lại thể hiện có tên điều tra viên này.
Sau khi hội ý, hội đồng xét xử (HĐXX) quyết định tuyên trả hồ sơ, yêu cầu điều tra bổ sung một số tình tiết. Trong đó, HĐXX yêu cầu giám định chữ ký của bị cáo Nguyễn Thị Loan và tài liệu liên quan đến điều tra viên Bùi Đức Hiếu trong các bút lục mà bị cáo cho là không đúng.
Đồng thời, HĐXX yêu cầu xem xét trách nhiệm đối với một số cán bộ thuộc các đơn vị, cơ quan có thẩm quyền liên quan đến việc tổ chức bán đấu giá tài sản, ngoài những bị cáo đã bị truy tố trong vụ án…
Quá trình điều tra bổ sung, cựu Chủ tịch Tập đoàn Vimedimex Nguyễn Thị Loan tiếp tục khai không liên quan đến việc tham gia đấu giá đất nên không sai phạm gì.
Tuy nhiên, căn cứ tài liệu và chứng cứ có trong hồ sơ vụ án, cơ quan điều tra giữ nguyên quan điểm buộc tội đối với bị cáo Loan. Các biên bản lấy lời khai và biên bản hỏi cung do điều tra viên Bùi Đức Hiếu thực hiện không bị cắt ghép.
Đối với một số cán bộ cơ quan quản lý nhà nước liên quan đến hoạt động đấu giá đất, cơ quan điều tra cũng giữ nguyên quan điểm giải quyết, không xử lý hình sự.
Từ những căn cứ trên, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an TP.Hà Nội chuyển hồ sơ sang viện kiểm sát cùng cấp, đề nghị truy tố bà Loan cùng 8 bị can khác về tội vi phạm quy định về hoạt động đấu giá tài sản, 2 bị can còn lại về tội thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng.
Cựu Chủ tịch Tập đoàn Vimedimex Nguyễn Thị Loan bị cáo buộc sử dụng 3 pháp nhân (gồm Công ty Bắc Từ Liêm, Công ty Thanh Trì và Công ty Mỹ Đình) để chỉ đạo tham gia đấu giá hơn 16.000 m2 đất thuộc dự án xây dựng hạ tầng kỹ thuật khu đấu giá quyền sử dụng đất phía đông nam thôn Cổ Dương, xã Tiên Dương, H.Đông Anh, Hà Nội.
Quá trình đấu giá, 3 pháp nhân này cùng nhau trả giá theo kịch bản đã lên từ trước, giúp Công ty Bắc Từ Liêm trúng đấu giá với mức giá hơn 326 tỉ đồng, tương đương hơn 20,1 triệu đồng/m2. Thực tế, giá trị khu đất là hơn 28,5 triệu đồng/m2, tương đương hơn 462 tỉ đồng. Chênh lệch giá khiến ngân sách nhà nước thiệt hại hơn 135 tỉ đồng.