Trước đó, năm 2016, UBND tỉnh Cà Mau có quyết định về việc cho Ban quản lý các cảng cá tỉnh thuê hơn 24.623 m2 đất tại khóm 6, TT.Rạch Gốc, để quản lý, sử dụng vào mục đích thực hiện Dự án khu neo đậu tránh trú bão cho tàu cá Rạch Gốc. Thời hạn sử dụng đất là 49 năm với hình thức thuê đất trả tiền hàng năm (ngày 8.2.2021, Ban quản lý các cảng cá tỉnh mới ký hợp đồng thuê đất).
Ngày 17.2.2021, Cục Thuế tỉnh Cà Mau ban hành thông báo về việc nộp tiền sử dụng đất đối với Ban quản lý các cảng cá tỉnh, với số tiền thuê đất phải nộp kể từ ngày 6.1.2016 đến ngày 31.122021 (6 năm) là hơn 192 triệu đồng và số tiền tính chậm nộp tiền thuê đất là hơn 44 triệu đồng. Tuy nhiên, cho đến thời điểm thanh tra, Ban quản lý các cảng cá tỉnh vẫn chưa nộp tiền thuê đất và tiền chậm nộp theo thông báo của ngành thuế.
Thanh tra Sở TN-MT tỉnh Cà Mau cũng cho rằng, tại cảng cá Rạch Gốc, do không có các cơ sở hoạt động dịch vụ nghề cá thuê đất và sản lượng qua cảng chủ yếu là khai báo, hàng hóa thủy sản không trực tiếp xuất nhập qua cảng nên lượng nước thải phát sinh không đáng kể.
Còn cảng cá Rạch Gốc đã được đầu tư hệ thống thu gom nước thải và hệ thống xử lý nước thải với công suất xử lý 100 m3/ngày đêm. Theo báo cáo của Ban quản lý các cảng cá tỉnh Cà Mau, từ khi đi vào hoạt động cho đến nay, tại cảng không phát sinh đủ lưu lượng nước thải, chỉ khoảng dưới 3 m3/ngày đêm, chủ yếu là nước thải sinh hoạt. Do đó, hệ thống xử lý nước thải không được vận hành (tại thời điểm kiểm tra, hệ thống không vận hành - PV), nguồn tiếp nhận nước thải là sông Rạch Gốc. Hiện tại, hệ thống xử lý nước thải trên đã bị xuống cấp.
Kết luận thanh tra cũng nêu, cảng cá Rạch Gốc có 4 tổ chức, cá nhân thuê mặt bằng gồm: 1 đơn vị kinh doanh xăng dầu thuê với diện tích 1.077 m2; 2 hộ kinh doanh thủy sản thuê diện tích 406,3 m2; 1 hộ kinh doanh dịch vụ nước giải khát với diện tích 27 m2. Tại thời điểm thanh tra, theo báo cáo của Ban quản lý các cảng cá tỉnh thì 2 hộ kinh doanh thủy sản không hoạt động và 4 tổ chức, cá nhân trên đều còn nợ tiền thuê đất
Cảng cá Rạch Gốc là cảng cá loại 2, với diện tích trên 25.000 m2, được đầu tư xây dựng với tổng kinh phí gần 100 tỉ đồng và đi vào hoạt động từ đầu tháng 4.2016. Quanh khu vực cảng khoảng 4.000 m còn được bố trí trên 180 trụ đủ đáp ứng cho khoảng 1.000 phương tiện neo đậu. Theo thiết kế, cảng có khả năng tiếp nhận loại tàu có công suất từ 40 CV đến 400 CV.