Tuy nhiên, về số tiền nhận hối lộ, bị cáo Hình trình bày bản thân chỉ nhận 2,85 tỉ đồng và 12.000 USD. Theo bị cáo Hình, đến nay gia đình đã nộp lại 2,85 tỉ đồng và 12.000 USD. Trong khi đó, cáo trạng cáo buộc bị cáo Hình nhận hối lộ hơn 7,1 tỉ đồng. Ngoài ra, bị cáo Hình còn lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ trong việc duyệt cấp thông báo năng lực cho 63 hồ sơ cơ sở đóng tàu không đủ điều kiện theo quy định.
Đối với bị cáo Đặng Việt Hà (Phó cục trưởng Cục Đăng kiểm VN từ tháng 1.2014 - 7.2021, sau đó làm Cục trưởng), cáo trạng thể hiện bị cáo Hà hưởng lợi 8,55 tỉ đồng từ tiền nhận hối lộ. Tuy nhiên, bị cáo cho rằng sai phạm tại Cục Đăng kiểm đã xảy ra từ năm 2019, khi giữ chức Cục phó; tháng 8.2021 mới làm Cục trưởng cho đến khi bị bắt (đầu năm 2023), nên không thể buộc bị cáo phải chịu trách nhiệm về toàn bộ tiền nhận hối lộ là hơn 40 tỉ đồng. Về số tiền khắc phục, bị cáo Hà khai gia đình đã nộp 3 lần, tổng cộng gần 6 tỉ đồng.
Các bị cáo tại Phòng VAR, có Trưởng phòng Trần Anh Quân nhận hối lộ hơn 11,7 tỉ đồng, nhưng cáo trạng buộc bị cáo Quân chịu trách nhiệm hơn 60 tỉ đồng là tiền cán bộ, nhân viên Phòng VAR nhận hối lộ; Phó trưởng phòng Đặng Trần Khanh nhận hối lộ gần 3 tỉ đồng; Phó trưởng phòng Nguyễn Đức Toàn nhận hối lộ hơn 2,4 tỉ đồng; Phó trưởng phòng Trịnh Bình Dương nhận hối lộ hơn 1 tỉ đồng. 13 đăng kiểm viên, chuyên viên còn lại tại Phòng VAR, theo điều tra đã nhận hối lộ thấp nhất là 56,4 triệu đồng đến hơn 2,4 tỉ đồng.
Tại tòa, bị cáo Quân cũng trình bày không đồng ý việc cáo trạng buộc bị cáo phải chịu trách nhiệm trên 60 tỉ đồng tiền nhận hối lộ xảy ra tại Phòng VAR. Về tiền khắc phục, bị cáo khai gia đình đã nộp lại toàn bộ hơn 11,7 tỉ đồng.
Bên cạnh đó, 11 bị cáo thuộc 7 công ty thiết kế cải tạo xe cơ giới cũng thừa nhận hành vi "đưa hối lộ" hơn 35,7 tỉ đồng cho các đăng kiểm viên tại Phòng VAR. Riêng 9 công ty còn lại đưa hối lộ gần 25 tỉ đồng cho Phòng VAR, Cơ quan CSĐT Công an TP.HCM đã chuyển hồ sơ sai phạm đến công an các tỉnh thành khác xử lý theo thẩm quyền.
Theo hồ sơ vụ án, Phòng VAR đã nhận hối lộ trên 60 tỉ đồng, và đến thời điểm xét xử vụ án, các bị cáo là cựu lãnh đạo Cục Đăng kiểm, cựu lãnh đạo Phòng VAR, đăng kiểm viên và chuyên viên đã nộp lại khoảng 41 tỉ đồng.
Cựu cục trưởng xin cấn trừ tiền bị lừa để khắc phục hậu quả
Khi cơ quan điều tra phát hiện xử lý nhiều sai phạm của nhiều trung tâm đăng kiểm (TTĐK) trên cả nước, bị cáo Đặng Việt Hà kể với bị cáo Lại Thái Phong (Phó chánh văn phòng Cục Đăng kiểm VN) về việc cơ quan công an xử lý nhiều sai phạm liên quan đến TTĐK nhưng hiện tại không nắm được thông tin xử lý về sai phạm gì. Phong nói với Hà về việc có quen biết Nguyễn Văn Chung có nhiều mối quan hệ với các cơ quan công an. Nghe vậy, Hà nói với Phong nhờ Chung tìm hiểu thông tin xem công an xử lý như thế nào thì Phong đồng ý. Sau đó, Hà đưa 100.000 USD cho Phong xử lý việc.
Ngày 11.1.2023, Hà bị bắt, đến ngày 29.8.2023, Hà có đơn tố cáo về việc Chung lừa đảo chiếm đoạt tài sản của Hà. Sau đó, Phong và Chung bị bắt. Về hành vi trên, tại tòa các bị cáo đều thừa nhận hành vi phạm tội. Bị cáo Đặng Việt Hà đề nghị lấy 100.000 USD bị lừa, do Chung và Phong trả lại để cấn trừ, khắc phục hậu quả trong tổng số tiền nhận hối lộ 8,55 tỉ đồng của bị cáo. Tuy nhiên, chủ tọa giải thích 100.000 USD có nguồn gốc từ tiền phạm pháp nên sẽ bị thu hồi sung công quỹ nhà nước. Vì vậy, tiền khắc phục hậu quả phải là tiền thực tế bị cáo nộp.